תכנית הלימודים לתואר השני בפסיכולוגיה חינוכית של מל"א, נבנתה במטרה להכשיר אנשי מקצוע תוך דגש נכבד על הכשרה מעשית, וזאת באמצעות שילוב הלימודים בהתנסות מקצועית, אשר רובה מתקיימת בשירותים הפסיכולוגיים החינוכיים. ההכשרה העיונית והמעשית היא רב מערכתית וכוללת עבודה עם הורים ומשפחות, היכרות מעמיקה עם מערכת החינוך, כמו גם מסגרות נוספות שעשויות לסייע בהתערבות. הסטודנטים יוכשרו להיות מאבחנים ומטפלים בעלי יכולת להפעיל מגוון גישות טיפוליות ומניעתיות, וכן התערבות במצבי משבר.
בוגרי מסלול הלימודים לתואר שני בפסיכולוגיה חינוכית יוכלו להשתלב במסגרות חינוכיות ופרטניות של אוכלוסיות בטווח גילאים רחב, ולמלא בהן תפקידים מגוונים בתחום העבודה של הפסיכולוגים החינוכיים. תפקידים אלו כוללים:

• אבחון והערכה של תלמידים במטרה לקבוע את התאמתם למסגרת חינוכית רגילה, הסיוע הניתן להם בצורות שונות במסגרת בית הספר, או הקצאת שירותים שונים של שילוב או חינוך מיוחד.
• אבחון, ייעוץ וטיפול במגוון קשיים כמו לקויות למידה, הפרעות קשב וריכוז והשלכותיהן על המצב הרגשי
• ייעוץ למורים ולבעלי תפקידים שונים בבית הספר לגבי תכנון וביצוע תוכניות התערבות וסיוע מתאימות לילדים הזקוקים לכך.
• תכנון וביצוע של תכניות מניעה שונות (למשל מניעת נשירה או מניעת אלימות בבית הספר), תכניות הערכה בית ספרית ואקלים חינוכי חברתי.
• ייעוץ ותמיכה להורים במסגרת פרטנית או קבוצתית.
• טיפוח כישורי התמודדות של התלמידים וסיוע במצבי משבר של הילד, הוריו ומוריו.
• התייחסות לשונות ולצרכים המיוחדים של לומדים ומניעה והתערבות בתהליכי חרום, מניעה, איתור מוקדם, אבחון והתערבות בכל הקשור לילדים בסיכון, במסגרות חינוך פורמליות ולא פורמליות.

כל זאת תוך הסתכלות מערכתית כוללת וראיית התלמיד בהקשר של המערכת המשפחתית והמערכת הבית-ספרית.